vcfutils.pl: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On CentOS possible default full paths are:

/usr/bin/vcfutils.pl - from package: samtools

You may install the required package with command yum install {package}

Error in other languages:
vcfutils.pl: bevel nie gevind nie
vcfutils.pl: comandă negăsită
vcfutils.pl: comando não encontrado
vcfutils.pl: commande introuvable
vcfutils.pl: command not found
vcfutils.pl: käsku ei ole
vcfutils.pl: không tìm thấy lệnh
vcfutils.pl: komanda nerasta
vcfutils.pl: Kommando nicht gefunden.
vcfutils.pl: kommandot finns inte
vcfutils.pl: komut yok
vcfutils.pl: nie znaleziono polecenia
vcfutils.pl: níor aimsíodh an t-ordú
vcfutils.pl: no se encontró la orden
vcfutils.pl: no s'ha trobat l'ordre
vcfutils.pl: opdracht niet gevonden
vcfutils.pl: parancs nem található
vcfutils.pl: perintah tidak ditemukan
vcfutils.pl: príkaz nenájdený
vcfutils.pl: příkaz nenalezen
vcfutils.pl: команда не найдена
vcfutils.pl: командата не е открита
vcfutils.pl: 命令找不到
vcfutils.pl: コマンドが見つかりません