segmasker: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/segmasker - from package: ncbi-blast+

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
segmasker: bevel nie gevind nie
segmasker: comandă negăsită
segmasker: comando não encontrado
segmasker: commande introuvable
segmasker: command not found
segmasker: käsku ei ole
segmasker: không tìm thấy lệnh
segmasker: komanda nerasta
segmasker: Kommando nicht gefunden.
segmasker: kommandot finns inte
segmasker: komut yok
segmasker: nie znaleziono polecenia
segmasker: níor aimsíodh an t-ordú
segmasker: no se encontró la orden
segmasker: no s'ha trobat l'ordre
segmasker: opdracht niet gevonden
segmasker: parancs nem található
segmasker: perintah tidak ditemukan
segmasker: príkaz nenájdený
segmasker: příkaz nenalezen
segmasker: команда не найдена
segmasker: командата не е открита
segmasker: 命令找不到
segmasker: コマンドが見つかりません