ontogetroot: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/ontogetroot - from package: emboss

You may install the required package with command apt-get install {package}
Error in other languages:
ontogetroot: bevel nie gevind nie
ontogetroot: comandă negăsită
ontogetroot: comando não encontrado
ontogetroot: commande introuvable
ontogetroot: command not found
ontogetroot: käsku ei ole
ontogetroot: không tìm thấy lệnh
ontogetroot: komanda nerasta
ontogetroot: Kommando nicht gefunden.
ontogetroot: kommandot finns inte
ontogetroot: komut yok
ontogetroot: nie znaleziono polecenia
ontogetroot: níor aimsíodh an t-ordú
ontogetroot: no se encontró la orden
ontogetroot: no s'ha trobat l'ordre
ontogetroot: opdracht niet gevonden
ontogetroot: parancs nem található
ontogetroot: perintah tidak ditemukan
ontogetroot: príkaz nenájdený
ontogetroot: příkaz nenalezen
ontogetroot: команда не найдена
ontogetroot: командата не е открита
ontogetroot: 命令找不到
ontogetroot: コマンドが見つかりません