ffindex_from_fasta: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/ffindex_from_fasta - from package: ffindex

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
ffindex_from_fasta: bevel nie gevind nie
ffindex_from_fasta: comandă negăsită
ffindex_from_fasta: comando não encontrado
ffindex_from_fasta: commande introuvable
ffindex_from_fasta: command not found
ffindex_from_fasta: käsku ei ole
ffindex_from_fasta: không tìm thấy lệnh
ffindex_from_fasta: komanda nerasta
ffindex_from_fasta: Kommando nicht gefunden.
ffindex_from_fasta: kommandot finns inte
ffindex_from_fasta: komut yok
ffindex_from_fasta: nie znaleziono polecenia
ffindex_from_fasta: níor aimsíodh an t-ordú
ffindex_from_fasta: no se encontró la orden
ffindex_from_fasta: no s'ha trobat l'ordre
ffindex_from_fasta: opdracht niet gevonden
ffindex_from_fasta: parancs nem található
ffindex_from_fasta: perintah tidak ditemukan
ffindex_from_fasta: príkaz nenájdený
ffindex_from_fasta: příkaz nenalezen
ffindex_from_fasta: команда не найдена
ffindex_from_fasta: командата не е открита
ffindex_from_fasta: 命令找不到
ffindex_from_fasta: コマンドが見つかりません