nencvalid: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/nencvalid - from package: sra-toolkit

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
nencvalid: bevel nie gevind nie
nencvalid: comandă negăsită
nencvalid: comando não encontrado
nencvalid: commande introuvable
nencvalid: command not found
nencvalid: käsku ei ole
nencvalid: không tìm thấy lệnh
nencvalid: komanda nerasta
nencvalid: Kommando nicht gefunden.
nencvalid: kommandot finns inte
nencvalid: komut yok
nencvalid: nie znaleziono polecenia
nencvalid: níor aimsíodh an t-ordú
nencvalid: no se encontró la orden
nencvalid: no s'ha trobat l'ordre
nencvalid: opdracht niet gevonden
nencvalid: parancs nem található
nencvalid: perintah tidak ditemukan
nencvalid: príkaz nenájdený
nencvalid: příkaz nenalezen
nencvalid: команда не найдена
nencvalid: командата не е открита
nencvalid: 命令找不到
nencvalid: コマンドが見つかりません