fftns: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/lib/mafft/bin/fftns - from package: mafft

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
fftns: bevel nie gevind nie
fftns: comandă negăsită
fftns: comando não encontrado
fftns: commande introuvable
fftns: command not found
fftns: käsku ei ole
fftns: không tìm thấy lệnh
fftns: komanda nerasta
fftns: Kommando nicht gefunden.
fftns: kommandot finns inte
fftns: komut yok
fftns: nie znaleziono polecenia
fftns: níor aimsíodh an t-ordú
fftns: no se encontró la orden
fftns: no s'ha trobat l'ordre
fftns: opdracht niet gevonden
fftns: parancs nem található
fftns: perintah tidak ditemukan
fftns: príkaz nenájdený
fftns: příkaz nenalezen
fftns: команда не найдена
fftns: командата не е открита
fftns: 命令找不到
fftns: コマンドが見つかりません