bowtie: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On CentOS possible default full paths are:

/usr/bin/bowtie - from package: bowtie

You may install the required package with command yum install {package}

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/bowtie - from package: bowtie

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
bowtie: bevel nie gevind nie
bowtie: comandă negăsită
bowtie: comando não encontrado
bowtie: commande introuvable
bowtie: command not found
bowtie: käsku ei ole
bowtie: không tìm thấy lệnh
bowtie: komanda nerasta
bowtie: Kommando nicht gefunden.
bowtie: kommandot finns inte
bowtie: komut yok
bowtie: nie znaleziono polecenia
bowtie: níor aimsíodh an t-ordú
bowtie: no se encontró la orden
bowtie: no s'ha trobat l'ordre
bowtie: opdracht niet gevonden
bowtie: parancs nem található
bowtie: perintah tidak ditemukan
bowtie: príkaz nenájdený
bowtie: příkaz nenalezen
bowtie: команда не найдена
bowtie: командата не е открита
bowtie: 命令找不到
bowtie: コマンドが見つかりません