xplor2gmx: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/xplor2gmx - from package: gromacs

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
xplor2gmx: bevel nie gevind nie
xplor2gmx: comandă negăsită
xplor2gmx: comando não encontrado
xplor2gmx: commande introuvable
xplor2gmx: command not found
xplor2gmx: käsku ei ole
xplor2gmx: không tìm thấy lệnh
xplor2gmx: komanda nerasta
xplor2gmx: Kommando nicht gefunden.
xplor2gmx: kommandot finns inte
xplor2gmx: komut yok
xplor2gmx: nie znaleziono polecenia
xplor2gmx: níor aimsíodh an t-ordú
xplor2gmx: no se encontró la orden
xplor2gmx: no s'ha trobat l'ordre
xplor2gmx: opdracht niet gevonden
xplor2gmx: parancs nem található
xplor2gmx: perintah tidak ditemukan
xplor2gmx: príkaz nenájdený
xplor2gmx: příkaz nenalezen
xplor2gmx: команда не найдена
xplor2gmx: командата не е открита
xplor2gmx: 命令找不到
xplor2gmx: コマンドが見つかりません