propka: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/propka - from package: pdb2pqr

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
propka: bevel nie gevind nie
propka: comandă negăsită
propka: comando não encontrado
propka: commande introuvable
propka: command not found
propka: käsku ei ole
propka: không tìm thấy lệnh
propka: komanda nerasta
propka: Kommando nicht gefunden.
propka: kommandot finns inte
propka: komut yok
propka: nie znaleziono polecenia
propka: níor aimsíodh an t-ordú
propka: no se encontró la orden
propka: no s'ha trobat l'ordre
propka: opdracht niet gevonden
propka: parancs nem található
propka: perintah tidak ditemukan
propka: príkaz nenájdený
propka: příkaz nenalezen
propka: команда не найдена
propka: командата не е открита
propka: 命令找不到
propka: コマンドが見つかりません