primeGEM: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/primeGEM - from package: prime-phylo

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
primeGEM: bevel nie gevind nie
primeGEM: comandă negăsită
primeGEM: comando não encontrado
primeGEM: commande introuvable
primeGEM: command not found
primeGEM: käsku ei ole
primeGEM: không tìm thấy lệnh
primeGEM: komanda nerasta
primeGEM: Kommando nicht gefunden.
primeGEM: kommandot finns inte
primeGEM: komut yok
primeGEM: nie znaleziono polecenia
primeGEM: níor aimsíodh an t-ordú
primeGEM: no se encontró la orden
primeGEM: no s'ha trobat l'ordre
primeGEM: opdracht niet gevonden
primeGEM: parancs nem található
primeGEM: perintah tidak ditemukan
primeGEM: príkaz nenájdený
primeGEM: příkaz nenalezen
primeGEM: команда не найдена
primeGEM: командата не е открита
primeGEM: 命令找不到
primeGEM: コマンドが見つかりません