map2gtf: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/map2gtf - from package: tophat

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
map2gtf: bevel nie gevind nie
map2gtf: comandă negăsită
map2gtf: comando não encontrado
map2gtf: commande introuvable
map2gtf: command not found
map2gtf: käsku ei ole
map2gtf: không tìm thấy lệnh
map2gtf: komanda nerasta
map2gtf: Kommando nicht gefunden.
map2gtf: kommandot finns inte
map2gtf: komut yok
map2gtf: nie znaleziono polecenia
map2gtf: níor aimsíodh an t-ordú
map2gtf: no se encontró la orden
map2gtf: no s'ha trobat l'ordre
map2gtf: opdracht niet gevonden
map2gtf: parancs nem található
map2gtf: perintah tidak ditemukan
map2gtf: príkaz nenájdený
map2gtf: příkaz nenalezen
map2gtf: команда не найдена
map2gtf: командата не е открита
map2gtf: 命令找不到
map2gtf: コマンドが見つかりません