mafft-xinsi: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/lib/mafft/bin/mafft-xinsi - from package: mafft

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
mafft-xinsi: bevel nie gevind nie
mafft-xinsi: comandă negăsită
mafft-xinsi: comando não encontrado
mafft-xinsi: commande introuvable
mafft-xinsi: command not found
mafft-xinsi: käsku ei ole
mafft-xinsi: không tìm thấy lệnh
mafft-xinsi: komanda nerasta
mafft-xinsi: Kommando nicht gefunden.
mafft-xinsi: kommandot finns inte
mafft-xinsi: komut yok
mafft-xinsi: nie znaleziono polecenia
mafft-xinsi: níor aimsíodh an t-ordú
mafft-xinsi: no se encontró la orden
mafft-xinsi: no s'ha trobat l'ordre
mafft-xinsi: opdracht niet gevonden
mafft-xinsi: parancs nem található
mafft-xinsi: perintah tidak ditemukan
mafft-xinsi: príkaz nenájdený
mafft-xinsi: příkaz nenalezen
mafft-xinsi: команда не найдена
mafft-xinsi: командата не е открита
mafft-xinsi: 命令找不到
mafft-xinsi: コマンドが見つかりません