kar: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/kar - from package: sra-toolkit

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
kar: bevel nie gevind nie
kar: comandă negăsită
kar: comando não encontrado
kar: commande introuvable
kar: command not found
kar: käsku ei ole
kar: không tìm thấy lệnh
kar: komanda nerasta
kar: Kommando nicht gefunden.
kar: kommandot finns inte
kar: komut yok
kar: nie znaleziono polecenia
kar: níor aimsíodh an t-ordú
kar: no se encontró la orden
kar: no s'ha trobat l'ordre
kar: opdracht niet gevonden
kar: parancs nem található
kar: perintah tidak ditemukan
kar: príkaz nenájdený
kar: příkaz nenalezen
kar: команда не найдена
kar: командата не е открита
kar: 命令找不到
kar: コマンドが見つかりません