fftnsi: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/lib/mafft/bin/fftnsi - from package: mafft

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
fftnsi: bevel nie gevind nie
fftnsi: comandă negăsită
fftnsi: comando não encontrado
fftnsi: commande introuvable
fftnsi: command not found
fftnsi: käsku ei ole
fftnsi: không tìm thấy lệnh
fftnsi: komanda nerasta
fftnsi: Kommando nicht gefunden.
fftnsi: kommandot finns inte
fftnsi: komut yok
fftnsi: nie znaleziono polecenia
fftnsi: níor aimsíodh an t-ordú
fftnsi: no se encontró la orden
fftnsi: no s'ha trobat l'ordre
fftnsi: opdracht niet gevonden
fftnsi: parancs nem található
fftnsi: perintah tidak ditemukan
fftnsi: príkaz nenájdený
fftnsi: příkaz nenalezen
fftnsi: команда не найдена
fftnsi: командата не е открита
fftnsi: 命令找不到
fftnsi: コマンドが見つかりません