fasta2frag: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/fasta2frag - from package: mira-assembler

You may install the required package with command apt-get install {package}
Error in other languages:
fasta2frag: bevel nie gevind nie
fasta2frag: comandă negăsită
fasta2frag: comando não encontrado
fasta2frag: commande introuvable
fasta2frag: command not found
fasta2frag: käsku ei ole
fasta2frag: không tìm thấy lệnh
fasta2frag: komanda nerasta
fasta2frag: Kommando nicht gefunden.
fasta2frag: kommandot finns inte
fasta2frag: komut yok
fasta2frag: nie znaleziono polecenia
fasta2frag: níor aimsíodh an t-ordú
fasta2frag: no se encontró la orden
fasta2frag: no s'ha trobat l'ordre
fasta2frag: opdracht niet gevonden
fasta2frag: parancs nem található
fasta2frag: perintah tidak ditemukan
fasta2frag: príkaz nenájdený
fasta2frag: příkaz nenalezen
fasta2frag: команда не найдена
fasta2frag: командата не е открита
fasta2frag: 命令找不到
fasta2frag: コマンドが見つかりません