bp_nexus2nh: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/bp_nexus2nh - from package: bioperl

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
bp_nexus2nh: bevel nie gevind nie
bp_nexus2nh: comandă negăsită
bp_nexus2nh: comando não encontrado
bp_nexus2nh: commande introuvable
bp_nexus2nh: command not found
bp_nexus2nh: käsku ei ole
bp_nexus2nh: không tìm thấy lệnh
bp_nexus2nh: komanda nerasta
bp_nexus2nh: Kommando nicht gefunden.
bp_nexus2nh: kommandot finns inte
bp_nexus2nh: komut yok
bp_nexus2nh: nie znaleziono polecenia
bp_nexus2nh: níor aimsíodh an t-ordú
bp_nexus2nh: no se encontró la orden
bp_nexus2nh: no s'ha trobat l'ordre
bp_nexus2nh: opdracht niet gevonden
bp_nexus2nh: parancs nem található
bp_nexus2nh: perintah tidak ditemukan
bp_nexus2nh: príkaz nenájdený
bp_nexus2nh: příkaz nenalezen
bp_nexus2nh: команда не найдена
bp_nexus2nh: командата не е открита
bp_nexus2nh: 命令找不到
bp_nexus2nh: コマンドが見つかりません