bp_composite_LD: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/bp_composite_LD - from package: bioperl

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
bp_composite_LD: bevel nie gevind nie
bp_composite_LD: comandă negăsită
bp_composite_LD: comando não encontrado
bp_composite_LD: commande introuvable
bp_composite_LD: command not found
bp_composite_LD: käsku ei ole
bp_composite_LD: không tìm thấy lệnh
bp_composite_LD: komanda nerasta
bp_composite_LD: Kommando nicht gefunden.
bp_composite_LD: kommandot finns inte
bp_composite_LD: komut yok
bp_composite_LD: nie znaleziono polecenia
bp_composite_LD: níor aimsíodh an t-ordú
bp_composite_LD: no se encontró la orden
bp_composite_LD: no s'ha trobat l'ordre
bp_composite_LD: opdracht niet gevonden
bp_composite_LD: parancs nem található
bp_composite_LD: perintah tidak ditemukan
bp_composite_LD: príkaz nenájdený
bp_composite_LD: příkaz nenalezen
bp_composite_LD: команда не найдена
bp_composite_LD: командата не е открита
bp_composite_LD: 命令找不到
bp_composite_LD: コマンドが見つかりません