TMalign: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/TMalign - from package: tm-align

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
TMalign: bevel nie gevind nie
TMalign: comandă negăsită
TMalign: comando não encontrado
TMalign: commande introuvable
TMalign: command not found
TMalign: käsku ei ole
TMalign: không tìm thấy lệnh
TMalign: komanda nerasta
TMalign: Kommando nicht gefunden.
TMalign: kommandot finns inte
TMalign: komut yok
TMalign: nie znaleziono polecenia
TMalign: níor aimsíodh an t-ordú
TMalign: no se encontró la orden
TMalign: no s'ha trobat l'ordre
TMalign: opdracht niet gevonden
TMalign: parancs nem található
TMalign: perintah tidak ditemukan
TMalign: príkaz nenájdený
TMalign: příkaz nenalezen
TMalign: команда не найдена
TMalign: командата не е открита
TMalign: 命令找不到
TMalign: コマンドが見つかりません