ProteinQuantifier: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/ProteinQuantifier - from package: topp

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
ProteinQuantifier: bevel nie gevind nie
ProteinQuantifier: comandă negăsită
ProteinQuantifier: comando não encontrado
ProteinQuantifier: commande introuvable
ProteinQuantifier: command not found
ProteinQuantifier: käsku ei ole
ProteinQuantifier: không tìm thấy lệnh
ProteinQuantifier: komanda nerasta
ProteinQuantifier: Kommando nicht gefunden.
ProteinQuantifier: kommandot finns inte
ProteinQuantifier: komut yok
ProteinQuantifier: nie znaleziono polecenia
ProteinQuantifier: níor aimsíodh an t-ordú
ProteinQuantifier: no se encontró la orden
ProteinQuantifier: no s'ha trobat l'ordre
ProteinQuantifier: opdracht niet gevonden
ProteinQuantifier: parancs nem található
ProteinQuantifier: perintah tidak ditemukan
ProteinQuantifier: príkaz nenájdený
ProteinQuantifier: příkaz nenalezen
ProteinQuantifier: команда не найдена
ProteinQuantifier: командата не е открита
ProteinQuantifier: 命令找不到
ProteinQuantifier: コマンドが見つかりません