varfilter.py: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On CentOS possible default full paths are:

/usr/bin/varfilter.py - from package: samtools

You may install the required package with command yum install {package}

Error in other languages:
varfilter.py: bevel nie gevind nie
varfilter.py: comandă negăsită
varfilter.py: comando não encontrado
varfilter.py: commande introuvable
varfilter.py: command not found
varfilter.py: käsku ei ole
varfilter.py: không tìm thấy lệnh
varfilter.py: komanda nerasta
varfilter.py: Kommando nicht gefunden.
varfilter.py: kommandot finns inte
varfilter.py: komut yok
varfilter.py: nie znaleziono polecenia
varfilter.py: níor aimsíodh an t-ordú
varfilter.py: no se encontró la orden
varfilter.py: no s'ha trobat l'ordre
varfilter.py: opdracht niet gevonden
varfilter.py: parancs nem található
varfilter.py: perintah tidak ditemukan
varfilter.py: príkaz nenájdený
varfilter.py: příkaz nenalezen
varfilter.py: команда не найдена
varfilter.py: командата не е открита
varfilter.py: 命令找不到
varfilter.py: コマンドが見つかりません