mafft-fftns: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/lib/mafft/bin/mafft-fftns - from package: mafft

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
mafft-fftns: bevel nie gevind nie
mafft-fftns: comandă negăsită
mafft-fftns: comando não encontrado
mafft-fftns: commande introuvable
mafft-fftns: command not found
mafft-fftns: käsku ei ole
mafft-fftns: không tìm thấy lệnh
mafft-fftns: komanda nerasta
mafft-fftns: Kommando nicht gefunden.
mafft-fftns: kommandot finns inte
mafft-fftns: komut yok
mafft-fftns: nie znaleziono polecenia
mafft-fftns: níor aimsíodh an t-ordú
mafft-fftns: no se encontró la orden
mafft-fftns: no s'ha trobat l'ordre
mafft-fftns: opdracht niet gevonden
mafft-fftns: parancs nem található
mafft-fftns: perintah tidak ditemukan
mafft-fftns: príkaz nenájdený
mafft-fftns: příkaz nenalezen
mafft-fftns: команда не найдена
mafft-fftns: командата не е открита
mafft-fftns: 命令找不到
mafft-fftns: コマンドが見つかりません