Package: mafft

"mafft" package binaries on Debian:

/usr/bin/mafft /usr/bin/mafft-homologs /usr/lib/mafft/bin/einsi /usr/lib/mafft/bin/fftns /usr/lib/mafft/bin/fftnsi /usr/lib/mafft/bin/ginsi /usr/lib/mafft/bin/linsi /usr/lib/mafft/bin/mafft /usr/lib/mafft/bin/mafft-distance /usr/lib/mafft/bin/mafft-einsi /usr/lib/mafft/bin/mafft-fftns /usr/lib/mafft/bin/mafft-fftnsi /usr/lib/mafft/bin/mafft-ginsi /usr/lib/mafft/bin/mafft-homologs.rb /usr/lib/mafft/bin/mafft-linsi /usr/lib/mafft/bin/mafft-nwns /usr/lib/mafft/bin/mafft-nwnsi /usr/lib/mafft/bin/mafft-profile /usr/lib/mafft/bin/mafft-qinsi /usr/lib/mafft/bin/mafft-randomcore.rb /usr/lib/mafft/bin/mafft-xinsi /usr/lib/mafft/bin/nwns /usr/lib/mafft/bin/nwnsi

You may install this package on Debian with apt-get install mafft