hmmbuild: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/hmmbuild - from package: hmmer

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
hmmbuild: bevel nie gevind nie
hmmbuild: comandă negăsită
hmmbuild: comando não encontrado
hmmbuild: commande introuvable
hmmbuild: command not found
hmmbuild: käsku ei ole
hmmbuild: không tìm thấy lệnh
hmmbuild: komanda nerasta
hmmbuild: Kommando nicht gefunden.
hmmbuild: kommandot finns inte
hmmbuild: komut yok
hmmbuild: nie znaleziono polecenia
hmmbuild: níor aimsíodh an t-ordú
hmmbuild: no se encontró la orden
hmmbuild: no s'ha trobat l'ordre
hmmbuild: opdracht niet gevonden
hmmbuild: parancs nem található
hmmbuild: perintah tidak ditemukan
hmmbuild: príkaz nenájdený
hmmbuild: příkaz nenalezen
hmmbuild: команда не найдена
hmmbuild: командата не е открита
hmmbuild: 命令找不到
hmmbuild: コマンドが見つかりません