grompp: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/grompp - from package: gromacs

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
grompp: bevel nie gevind nie
grompp: comandă negăsită
grompp: comando não encontrado
grompp: commande introuvable
grompp: command not found
grompp: käsku ei ole
grompp: không tìm thấy lệnh
grompp: komanda nerasta
grompp: Kommando nicht gefunden.
grompp: kommandot finns inte
grompp: komut yok
grompp: nie znaleziono polecenia
grompp: níor aimsíodh an t-ordú
grompp: no se encontró la orden
grompp: no s'ha trobat l'ordre
grompp: opdracht niet gevonden
grompp: parancs nem található
grompp: perintah tidak ditemukan
grompp: príkaz nenájdený
grompp: příkaz nenalezen
grompp: команда не найдена
grompp: командата не е открита
grompp: 命令找不到
grompp: コマンドが見つかりません