pairToPair: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On CentOS possible default full paths are:

/usr/bin/pairToPair - from package: BEDTools

You may install the required package with command yum install {package}

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/pairToPair - from package: BEDTools

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
pairToPair: bevel nie gevind nie
pairToPair: comandă negăsită
pairToPair: comando não encontrado
pairToPair: commande introuvable
pairToPair: command not found
pairToPair: käsku ei ole
pairToPair: không tìm thấy lệnh
pairToPair: komanda nerasta
pairToPair: Kommando nicht gefunden.
pairToPair: kommandot finns inte
pairToPair: komut yok
pairToPair: nie znaleziono polecenia
pairToPair: níor aimsíodh an t-ordú
pairToPair: no se encontró la orden
pairToPair: no s'ha trobat l'ordre
pairToPair: opdracht niet gevonden
pairToPair: parancs nem található
pairToPair: perintah tidak ditemukan
pairToPair: príkaz nenájdený
pairToPair: příkaz nenalezen
pairToPair: команда не найдена
pairToPair: командата не е открита
pairToPair: 命令找不到
pairToPair: コマンドが見つかりません