obgui: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/obgui - from package: openbabel-gui

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
obgui: bevel nie gevind nie
obgui: comandă negăsită
obgui: comando não encontrado
obgui: commande introuvable
obgui: command not found
obgui: käsku ei ole
obgui: không tìm thấy lệnh
obgui: komanda nerasta
obgui: Kommando nicht gefunden.
obgui: kommandot finns inte
obgui: komut yok
obgui: nie znaleziono polecenia
obgui: níor aimsíodh an t-ordú
obgui: no se encontró la orden
obgui: no s'ha trobat l'ordre
obgui: opdracht niet gevonden
obgui: parancs nem található
obgui: perintah tidak ditemukan
obgui: príkaz nenájdený
obgui: příkaz nenalezen
obgui: команда не найдена
obgui: командата не е открита
obgui: 命令找不到
obgui: コマンドが見つかりません