nepomukctl: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/nepomukctl - from package: nepomuk-core-runtime

You may install the required package with command apt-get install {package}
Error in other languages:
nepomukctl: bevel nie gevind nie
nepomukctl: comandă negăsită
nepomukctl: comando não encontrado
nepomukctl: commande introuvable
nepomukctl: command not found
nepomukctl: käsku ei ole
nepomukctl: không tìm thấy lệnh
nepomukctl: komanda nerasta
nepomukctl: Kommando nicht gefunden.
nepomukctl: kommandot finns inte
nepomukctl: komut yok
nepomukctl: nie znaleziono polecenia
nepomukctl: níor aimsíodh an t-ordú
nepomukctl: no se encontró la orden
nepomukctl: no s'ha trobat l'ordre
nepomukctl: opdracht niet gevonden
nepomukctl: parancs nem található
nepomukctl: perintah tidak ditemukan
nepomukctl: príkaz nenájdený
nepomukctl: příkaz nenalezen
nepomukctl: команда не найдена
nepomukctl: командата не е открита
nepomukctl: 命令找不到
nepomukctl: コマンドが見つかりません