mnc2nii: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/mnc2nii - from package: minc-tools

You may install the required package with command apt-get install {package}
Error in other languages:
mnc2nii: bevel nie gevind nie
mnc2nii: comandă negăsită
mnc2nii: comando não encontrado
mnc2nii: commande introuvable
mnc2nii: command not found
mnc2nii: käsku ei ole
mnc2nii: không tìm thấy lệnh
mnc2nii: komanda nerasta
mnc2nii: Kommando nicht gefunden.
mnc2nii: kommandot finns inte
mnc2nii: komut yok
mnc2nii: nie znaleziono polecenia
mnc2nii: níor aimsíodh an t-ordú
mnc2nii: no se encontró la orden
mnc2nii: no s'ha trobat l'ordre
mnc2nii: opdracht niet gevonden
mnc2nii: parancs nem található
mnc2nii: perintah tidak ditemukan
mnc2nii: príkaz nenájdený
mnc2nii: příkaz nenalezen
mnc2nii: команда не найдена
mnc2nii: командата не е открита
mnc2nii: 命令找不到
mnc2nii: コマンドが見つかりません