masai_indexer: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/masai_indexer - from package: seqan-apps
/usr/lib/seqan/bin/masai_indexer - from package: seqan-apps

You may install the required package with command apt-get install {package}
Error in other languages:
masai_indexer: bevel nie gevind nie
masai_indexer: comandă negăsită
masai_indexer: comando não encontrado
masai_indexer: commande introuvable
masai_indexer: command not found
masai_indexer: käsku ei ole
masai_indexer: không tìm thấy lệnh
masai_indexer: komanda nerasta
masai_indexer: Kommando nicht gefunden.
masai_indexer: kommandot finns inte
masai_indexer: komut yok
masai_indexer: nie znaleziono polecenia
masai_indexer: níor aimsíodh an t-ordú
masai_indexer: no se encontró la orden
masai_indexer: no s'ha trobat l'ordre
masai_indexer: opdracht niet gevonden
masai_indexer: parancs nem található
masai_indexer: perintah tidak ditemukan
masai_indexer: príkaz nenájdený
masai_indexer: příkaz nenalezen
masai_indexer: команда не найдена
masai_indexer: командата не е открита
masai_indexer: 命令找不到
masai_indexer: コマンドが見つかりません