gwyddion: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/gwyddion - from package: gwyddion

You may install the required package with command apt-get install {package}
Error in other languages:
gwyddion: bevel nie gevind nie
gwyddion: comandă negăsită
gwyddion: comando não encontrado
gwyddion: commande introuvable
gwyddion: command not found
gwyddion: käsku ei ole
gwyddion: không tìm thấy lệnh
gwyddion: komanda nerasta
gwyddion: Kommando nicht gefunden.
gwyddion: kommandot finns inte
gwyddion: komut yok
gwyddion: nie znaleziono polecenia
gwyddion: níor aimsíodh an t-ordú
gwyddion: no se encontró la orden
gwyddion: no s'ha trobat l'ordre
gwyddion: opdracht niet gevonden
gwyddion: parancs nem található
gwyddion: perintah tidak ditemukan
gwyddion: príkaz nenájdený
gwyddion: příkaz nenalezen
gwyddion: команда не найдена
gwyddion: командата не е открита
gwyddion: 命令找不到
gwyddion: コマンドが見つかりません