gencode2sql.pl: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/share/gmod/chado/bin/gencode2sql.pl - from package: chado-utils

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
gencode2sql.pl: bevel nie gevind nie
gencode2sql.pl: comandă negăsită
gencode2sql.pl: comando não encontrado
gencode2sql.pl: commande introuvable
gencode2sql.pl: command not found
gencode2sql.pl: käsku ei ole
gencode2sql.pl: không tìm thấy lệnh
gencode2sql.pl: komanda nerasta
gencode2sql.pl: Kommando nicht gefunden.
gencode2sql.pl: kommandot finns inte
gencode2sql.pl: komut yok
gencode2sql.pl: nie znaleziono polecenia
gencode2sql.pl: níor aimsíodh an t-ordú
gencode2sql.pl: no se encontró la orden
gencode2sql.pl: no s'ha trobat l'ordre
gencode2sql.pl: opdracht niet gevonden
gencode2sql.pl: parancs nem található
gencode2sql.pl: perintah tidak ditemukan
gencode2sql.pl: príkaz nenájdený
gencode2sql.pl: příkaz nenalezen
gencode2sql.pl: команда не найдена
gencode2sql.pl: командата не е открита
gencode2sql.pl: 命令找不到
gencode2sql.pl: コマンドが見つかりません