gen_ROI: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/lib/mrtrix/bin/gen_ROI - from package: mrtrix

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
gen_ROI: bevel nie gevind nie
gen_ROI: comandă negăsită
gen_ROI: comando não encontrado
gen_ROI: commande introuvable
gen_ROI: command not found
gen_ROI: käsku ei ole
gen_ROI: không tìm thấy lệnh
gen_ROI: komanda nerasta
gen_ROI: Kommando nicht gefunden.
gen_ROI: kommandot finns inte
gen_ROI: komut yok
gen_ROI: nie znaleziono polecenia
gen_ROI: níor aimsíodh an t-ordú
gen_ROI: no se encontró la orden
gen_ROI: no s'ha trobat l'ordre
gen_ROI: opdracht niet gevonden
gen_ROI: parancs nem található
gen_ROI: perintah tidak ditemukan
gen_ROI: príkaz nenájdený
gen_ROI: příkaz nenalezen
gen_ROI: команда не найдена
gen_ROI: командата не е открита
gen_ROI: 命令找不到
gen_ROI: コマンドが見つかりません