filterGTF.rb: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On CentOS possible default full paths are:

/usr/bin/filterGTF.rb - from package: mmseq

You may install the required package with command yum install {package}
Error in other languages:
filterGTF.rb: bevel nie gevind nie
filterGTF.rb: comandă negăsită
filterGTF.rb: comando não encontrado
filterGTF.rb: commande introuvable
filterGTF.rb: command not found
filterGTF.rb: käsku ei ole
filterGTF.rb: không tìm thấy lệnh
filterGTF.rb: komanda nerasta
filterGTF.rb: Kommando nicht gefunden.
filterGTF.rb: kommandot finns inte
filterGTF.rb: komut yok
filterGTF.rb: nie znaleziono polecenia
filterGTF.rb: níor aimsíodh an t-ordú
filterGTF.rb: no se encontró la orden
filterGTF.rb: no s'ha trobat l'ordre
filterGTF.rb: opdracht niet gevonden
filterGTF.rb: parancs nem található
filterGTF.rb: perintah tidak ditemukan
filterGTF.rb: príkaz nenájdený
filterGTF.rb: příkaz nenalezen
filterGTF.rb: команда не найдена
filterGTF.rb: командата не е открита
filterGTF.rb: 命令找不到
filterGTF.rb: コマンドが見つかりません