fastaq_fasta_to_fastq: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/fastaq_fasta_to_fastq - from package: fastaq

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
fastaq_fasta_to_fastq: bevel nie gevind nie
fastaq_fasta_to_fastq: comandă negăsită
fastaq_fasta_to_fastq: comando não encontrado
fastaq_fasta_to_fastq: commande introuvable
fastaq_fasta_to_fastq: command not found
fastaq_fasta_to_fastq: käsku ei ole
fastaq_fasta_to_fastq: không tìm thấy lệnh
fastaq_fasta_to_fastq: komanda nerasta
fastaq_fasta_to_fastq: Kommando nicht gefunden.
fastaq_fasta_to_fastq: kommandot finns inte
fastaq_fasta_to_fastq: komut yok
fastaq_fasta_to_fastq: nie znaleziono polecenia
fastaq_fasta_to_fastq: níor aimsíodh an t-ordú
fastaq_fasta_to_fastq: no se encontró la orden
fastaq_fasta_to_fastq: no s'ha trobat l'ordre
fastaq_fasta_to_fastq: opdracht niet gevonden
fastaq_fasta_to_fastq: parancs nem található
fastaq_fasta_to_fastq: perintah tidak ditemukan
fastaq_fasta_to_fastq: príkaz nenájdený
fastaq_fasta_to_fastq: příkaz nenalezen
fastaq_fasta_to_fastq: команда не найдена
fastaq_fasta_to_fastq: командата не е открита
fastaq_fasta_to_fastq: 命令找不到
fastaq_fasta_to_fastq: コマンドが見つかりません