do_dssp_d: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/do_dssp_d - from package: gromacs

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
do_dssp_d: bevel nie gevind nie
do_dssp_d: comandă negăsită
do_dssp_d: comando não encontrado
do_dssp_d: commande introuvable
do_dssp_d: command not found
do_dssp_d: käsku ei ole
do_dssp_d: không tìm thấy lệnh
do_dssp_d: komanda nerasta
do_dssp_d: Kommando nicht gefunden.
do_dssp_d: kommandot finns inte
do_dssp_d: komut yok
do_dssp_d: nie znaleziono polecenia
do_dssp_d: níor aimsíodh an t-ordú
do_dssp_d: no se encontró la orden
do_dssp_d: no s'ha trobat l'ordre
do_dssp_d: opdracht niet gevonden
do_dssp_d: parancs nem található
do_dssp_d: perintah tidak ditemukan
do_dssp_d: príkaz nenájdený
do_dssp_d: příkaz nenalezen
do_dssp_d: команда не найдена
do_dssp_d: командата не е открита
do_dssp_d: 命令找不到
do_dssp_d: コマンドが見つかりません