do_dssp: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/do_dssp - from package: gromacs

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
do_dssp: bevel nie gevind nie
do_dssp: comandă negăsită
do_dssp: comando não encontrado
do_dssp: commande introuvable
do_dssp: command not found
do_dssp: käsku ei ole
do_dssp: không tìm thấy lệnh
do_dssp: komanda nerasta
do_dssp: Kommando nicht gefunden.
do_dssp: kommandot finns inte
do_dssp: komut yok
do_dssp: nie znaleziono polecenia
do_dssp: níor aimsíodh an t-ordú
do_dssp: no se encontró la orden
do_dssp: no s'ha trobat l'ordre
do_dssp: opdracht niet gevonden
do_dssp: parancs nem található
do_dssp: perintah tidak ditemukan
do_dssp: príkaz nenájdený
do_dssp: příkaz nenalezen
do_dssp: команда не найдена
do_dssp: командата не е открита
do_dssp: 命令找不到
do_dssp: コマンドが見つかりません