bp_local_taxonomydb_query: command not found

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On Debian possible default full paths are:

/usr/bin/bp_local_taxonomydb_query - from package: bioperl

You may install the required package with command apt-get install {package}

Error in other languages:
bp_local_taxonomydb_query: bevel nie gevind nie
bp_local_taxonomydb_query: comandă negăsită
bp_local_taxonomydb_query: comando não encontrado
bp_local_taxonomydb_query: commande introuvable
bp_local_taxonomydb_query: command not found
bp_local_taxonomydb_query: käsku ei ole
bp_local_taxonomydb_query: không tìm thấy lệnh
bp_local_taxonomydb_query: komanda nerasta
bp_local_taxonomydb_query: Kommando nicht gefunden.
bp_local_taxonomydb_query: kommandot finns inte
bp_local_taxonomydb_query: komut yok
bp_local_taxonomydb_query: nie znaleziono polecenia
bp_local_taxonomydb_query: níor aimsíodh an t-ordú
bp_local_taxonomydb_query: no se encontró la orden
bp_local_taxonomydb_query: no s'ha trobat l'ordre
bp_local_taxonomydb_query: opdracht niet gevonden
bp_local_taxonomydb_query: parancs nem található
bp_local_taxonomydb_query: perintah tidak ditemukan
bp_local_taxonomydb_query: príkaz nenájdený
bp_local_taxonomydb_query: příkaz nenalezen
bp_local_taxonomydb_query: команда не найдена
bp_local_taxonomydb_query: командата не е открита
bp_local_taxonomydb_query: 命令找不到
bp_local_taxonomydb_query: コマンドが見つかりません