blast2sam.pl: command not found

Have You tried accessing the binary with the full path?

Maybe Your $PATH variable doesn't contain the default paths? echo $PATH should give something like:

[root@server ~]# echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

If it's empty, You may set the PATH variable with this command

export PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin"

On CentOS possible default full paths are:

/usr/bin/blast2sam.pl - from package: samtools

You may install the required package with command yum install {package}
Error in other languages:
blast2sam.pl: bevel nie gevind nie
blast2sam.pl: comandă negăsită
blast2sam.pl: comando não encontrado
blast2sam.pl: commande introuvable
blast2sam.pl: command not found
blast2sam.pl: käsku ei ole
blast2sam.pl: không tìm thấy lệnh
blast2sam.pl: komanda nerasta
blast2sam.pl: Kommando nicht gefunden.
blast2sam.pl: kommandot finns inte
blast2sam.pl: komut yok
blast2sam.pl: nie znaleziono polecenia
blast2sam.pl: níor aimsíodh an t-ordú
blast2sam.pl: no se encontró la orden
blast2sam.pl: no s'ha trobat l'ordre
blast2sam.pl: opdracht niet gevonden
blast2sam.pl: parancs nem található
blast2sam.pl: perintah tidak ditemukan
blast2sam.pl: príkaz nenájdený
blast2sam.pl: příkaz nenalezen
blast2sam.pl: команда не найдена
blast2sam.pl: командата не е открита
blast2sam.pl: 命令找不到
blast2sam.pl: コマンドが見つかりません